鳥類：
大鵬灣人工濕地的棲地穩定性已越來越高。目前有大量鷺科跟鷸鴴科鳥類在此築巢。還有其他鳥種時常出現，已逐漸形成穩定生態圈。目前出現之鳥類包括候鳥、過境鳥、留鳥等皆有。鳥種以喜於泥灘濕地活動的鷺科，鷸鴴科及秧雞科為主，其中數量最多的是鷺科鳥類，包括小白鷺、中白鷺、大白鷺、夜鷺、蒼鷺及黃小鷺等；鷸鴴科鳥類則以鷸科的雲雀鷸、青足鷸及鴴科的東方環頸鴴、小環頸鴴較多，另外反嘴鷸科的高蹺鷸及秧雞科的紅冠水雞數量也很多。
據調查，大鵬灣人工濕地群常見的鳥類有：小白鷺、蒼鷺、高蹺鴴、黃小鷺、栗小鷺、小環頸鴴、東方環頸鴴、鷹斑鷸、棕三趾鶉、白鶺鴒、小綠鴆、黃鶺鴒、赤腹鶇、黑枕藍鶲、藍磯鶇、大白鷺、中白鷺、黃頭鷺、金斑鴴、彎嘴濱鷸、鳳頭燕鷗、豆雁、大葦鶯、野鴝、黃尾鴝、小鷿鵜、翠鳥、紅冠水雞、澤鳬、翻石鷸、赤膀鴨、赤頸鴨、小水鴨、黃足鷸、赤足鷸、綠頭鴨等。
招潮蟹：
大鵬灣目前常見的招潮蟹有：網紋招潮蟹、白扇招潮蟹、北方凹指招潮蟹、三角招潮蟹等。招潮蟹英文稱fiddler crab，意為「拉小提琴的蟹」，在臺灣也有人暱稱招潮蟹為「濕地上的提琴手」。雄性招潮蟹有一隻明顯而巨大的大螯，這大螯伸展長度幾可達身體甲長之3倍。招潮蟹體色會隨時間及潮汐變化而改變，白天體色較深、夜間體色較淡。招潮蟹不能適應過於乾燥之環境，多棲息於大鵬灣之潮間帶，紅樹林區、灣口岸邊等泥灘地。
網紋招潮蟹：就是弧邊招潮蟹，是台灣產招潮蟹中體型最大的，喜出沒於潮濕的泥灘地，特別是紅樹林旁的泥濘處，是最典型的「紅樹林下的提琴手」。之所以稱為「網紋招潮蟹」，乃因其背甲褐色，常有深色的網狀花紋而得名。大螯掌節為橙紅色。閩南語俗名「大栱仙」。
白扇招潮蟹：就是乳白招潮蟹。因閩南語稱其為「夯白扇仔」，因此而有「白扇招潮蟹」的稱呼。白色為最典型的體色，但除了大螯白色較為固定之外，其餘部位的顏色也會有白、黃、紅、灰、黑的變化。
北方凹指招潮蟹：就是北方招潮蟹。閩南語俗名跟弧邊招潮蟹相同，都叫「大栱仙」。最明顯的特徵是大螯不動指基部有一很深的凹缺，像是把老虎鉗，因此才有「北方凹指招潮蟹」之稱。
三角招潮蟹：是台灣產最迷你的招潮蟹，最大甲寬僅約1.5 公分。
彈塗魚：
全身泥灰色，在泥地裡擁有天然的保護色，靜態時不容易被發現，但只要牠一行走或彈跳，就「破功」了，很容易被「鎖定」觀察。彈塗魚是水陸兩棲的魚類，眼睛凸凸的，在水中可以用鰓呼吸，在泥灘地上還可以用濕潤的皮膚進行氣體交換，所以平常喜歡在泥地與水面交界處或是紅樹林下休息，漲潮時會表演爬樹功，還能用尾巴在水面上彈來跳去，而且除了會彈跳之外，也可以用牠大且有肉的胸鰭在泥灘上爬行。身長大約有六公分。觀察這種可愛小動物的舉動，常常令大人小孩都著了迷，忘了返家時間。
植物類：
本地特色植物首推紅樹林。紅樹林是一群生長在海河沿岸或海河交會處的高木或灌木，多分佈於熱帶及亞熱帶地區。這些植物通常具有耐鹽、防風、定砂、緩流、消浪、淨化水質、保護堤岸、提供野生動物棲息地、美化環境等功能。屬於馬鞭草科的海茄苳，是本地強勢種類，主要集中分布於東港第一排水溝、尖美小鎮、林邊排水溝、大鵬灣各濕地公園內及大鵬灣域部份沿岸。
大鵬灣人工濕地中，植栽種類以濱海植物與紅樹林植物為主，常見的植物種類又可概分為水生植物與陸上植物兩種。
水生植物：紅樹林(包括海茄苳、欖李、水筆仔、紅海欖、土沉香、銀葉樹）、雙穗雀稗、細基龍鬚菜、流蘇菜、濱水菜等。
陸上植物：穗花棋盤腳、雀榕、正榕、稜果榕、臺灣欒樹、水黃皮、緬梔、黃槿、蒲葵、欖仁、血桐、大葉山欖、台灣海桐、巴西乳香、海檬果、可可椰子、苦楝、珊瑚樹、白水木、毛柿、麵包樹、臺灣海棗、紅刺林投、春不老、臭娘子、單花蟛蜞菊、蔓性馬纓丹、蘄艾、馬纓丹、千頭木麻黃、葳氏鐵莧、 鐵冬青、黃金柿、苦林盤、鹵蕨、繖楊、蓮葉桐、冬青菊、海芙蓉、馬齒莧、草海桐、馬鞍藤、海雀稗、蘆葦、野牽牛、台灣濱藜、鹽定等。
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